Sou sujeito passivo obrigado à certificação e possuo um software certificado desde 2011. Tenho que efectuar alguma alteração?

Sim, terá que garantir a actualização do seu actual software para uma versão que responda às novas regras introduzidas, à Portaria 363/2010, pela Portaria 22-A/2012, e pelo Oficio Circulado 50 000/2012.